En parallèle des instances de travail composées d'élus, Agglopolys dispose de moyens (budget) et de personnels (services) pour mettre en œuvre ses projets.
Depuis 2003, la communauté d'agglomération de Blois a pris en charge l'exercice de nombreuses compétences. La ville de Blois a ainsi logiquement procédé à plusieurs transferts (collecte des déchets, assainissement, bibliothèques...).
En plus des transferts de personnels accompagnant les transferts de compétences, la Ville de Blois et Agglopolys ont mutualisé une partie de leurs effectifs.
Le principe de la mutualisation a ainsi été arrêté afin de réaliser des économies d'échelle, de préserver le savoir-faire et les compétences, de garantir la qualité de services et, enfin, de développer une culture commune et de faciliter le travail des services.
Cette mutualisation, véritable outil de mise en œuvre des projets politiques, permet donc de regrouper moyens financiers et matériels, tout en partageant compétences et savoir-faire.
Agglopolys emploie 306 agents permanents, au sein de cinq directions générales adjointes, mutualisées avec la Ville de Blois :
Ces quatre pôles sont sous l'autorité de la direction générale des services, de même que la Mission de développement territorial et économique.